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Capitolo 1
3 anni dopo (sottotitolo)
L'ISV raggiunge la prima boa iperspaziale tra il sistema Alfa Centauri e la Terra, l'equipaggio comunica la perdita di Pandora da parte dei nativi, tra cui i nomi dei traditori che non hanno lasciato il pianeta.
6 anni dopo (sottotitolo d'apertura)
Terra 2160, il convoglio dei superstiti dell RDA fa ritorno sulla terra, intanto l'RDA in questi tre anni ha cercato di trovare un modo per riconquistare Pandora.
25 anni fà
Hell's Gate non era l'unica costruzione su Pandora, infatti l'RDA dopo la scoperta di Pandora cercò invano di installare centri operativi sulla superficie, ma ogni tentativo di fondamento veniva subito messo sotto assedio dai na'vi e dalle creature che volevano rivendicare il loro territorio.
Cosi nel secondo viaggio su Pandora l'RDA decise di studiare a fondo la luna per capire com era avvenuta l'evoluzione e cercare di costruire un arma biologica, in grado di danneggiare l'equilibrio del pianeta.
Ogni tentativo di attaccare Eywa fu invano, Eywa ad ogni attacco generava una sorta di antidoto cosi da restare immune, si provò anche con le radiazioni, ma Eywa si immunizzava anche da esse.
Tutti questi fallimenti diederò un importante scoperta all RDA, infatti Eywa si rendeva immune dalle radiazioni, cosa che l'umanità non aveva trovato ancora una soluzione.
Furono prelevati dei campioni di terreno e portati sulla terra, ma durante il viaggio il terreno mori al distaccò con Eywa, era chiaro che qualunque cosa vivente prelevata da Pandora e portata in altro luogo non riusciva a sopravvivere.
A quel punto gli scienziati fecero una grandissima scoperta, Eywa era un entità aliena che tempo fà precipito su Pandora e diede vita ad un terraforming biologico della luna, creando la vita e le altre specie sul pianeta.
Gli scienziati arrivarono ad una conclusione, l'entità era stata attirata dallo stesso minerale che l'RDA cercava cosi tanto, essendo conduttore, Eywa si schiantò sulla luna rendendo la crosta della luna incandescente cosi da formare gli archi al suo raffredamento che sono ancora visibili sulla superficie di Pandora.
Si ipotizza che Eywa grazie alla sua costituzione e alla sua grande mole scatenò la scintilla per rendere Pandora abitabile per ospitare la vita.
I salici sono i centri di connessione in cui Eywa trae nutrimento dall'energia generata dall unobtamio, grazie a questo minerale riesce a generare la vita e a parlare con gli altri esseri viventi sue creature.
Ad un ristretto gruppo di scienziati fu dato il compito di cercare il luogo dell'atterraggio di Eywa, dove si ipotizza che ci sia il nucleo da dove Eywa ha generato e controlla tutti i salici del pianeta. Questo nucleo viene chiamato dai na'vi "pozzo delle anime" e neanche i na'vi non ne conoscono l'ubicazione, per loro é solo una leggenda.
I na'vi non hanno mai sviluppato un tipo di scrittura, a causa di questo ha reso impossibile conservare e tradurre la leggenda da parte degli umani, i na'vi non considerano la scrittura come forma di linguaggio, loro ritengono che Eywa non ha bisogno di testi per essere ricordata, Eywa insegna attraverso il "Tsahaylu" (il collegamento).